1. Đối tượng và nguyên tắc trích lập quỹ phát triển khoa học và công nghệ

Việc thiết lập Quỹ phát triển Khoa học và Công nghệ (KH&CN) được xem là một bước đi chiến lược nhằm khuyến khích các doanh nghiệp tự chủ trong hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D). Theo quy định mới nhất tại Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) 2025, cơ cấu và nguyên tắc trích lập đã có những thay đổi đáng kể so với các giai đoạn trước, đặc biệt là về hạn mức và đối tượng áp dụng.

1.1. Các đối tượng được phép trích lập quỹ

Pháp luật hiện hành quy định đối tượng được phép trích lập Quỹ bao gồm một phạm vi rộng lớn các thực thể kinh tế, không phân biệt hình thức sở hữu hay quy mô, miễn là hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam. Các nhóm đối tượng chính bao gồm:

• Doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, bao gồm doanh nghiệp nhà nước, doanh nghiệp tư nhân, công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI). Đối với doanh nghiệp FDI, việc trích lập quỹ tại Việt Nam phải phục vụ cho các hoạt động KH&CN triển khai trên lãnh thổ Việt Nam.
• Các đơn vị sự nghiệp công lập và ngoài công lập có phát sinh thu nhập tính thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ. Đây là điểm mới nhằm thúc đẩy quá trình thương mại hóa các kết quả nghiên cứu trong các viện nghiên cứu và trường đại học.
• Các tổ chức kinh tế khác có phát sinh nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp cũng thuộc diện được phép trích lập quỹ để tái đầu tư vào công nghệ.

Đặc biệt, các cơ sở giáo dục đại học đang trở thành những thực thể tiên phong trong việc sử dụng cơ chế này. Một số trường đại học đã bắt đầu thực hiện trích lập quỹ dựa trên tỷ lệ doanh thu học phí (ví dụ 8%) để hình thành nguồn lực cho sinh viên và giảng viên nghiên cứu khoa học, điều này cho thấy sự linh hoạt trong việc vận dụng quy định pháp luật vào thực tiễn giáo dục và đào tạo.

1.2. Cách xác định và hạn mức trích lập tối đa

Câu hỏi mà nhiều nhà quản trị tài chính đặt ra là: Trích lập quỹ KH&CN tối đa bao nhiêu? Theo Điều 17 của Luật Thuế TNDN 2025, hạn mức trích lập đã được nâng lên một tầm cao mới nhằm tương xứng với nhu cầu chuyển đổi số và phát triển bền vững của quốc gia.

Doanh nghiệp và các đơn vị sự nghiệp được phép trích tối đa 20% thu nhập tính thuế hàng năm để hình thành Quỹ phát triển KH&CN. Đây là một sự gia tăng mạnh mẽ so với mức 10% quy định tại các văn bản pháp luật cũ, cho thấy quyết tâm của Nhà nước trong việc để lại nguồn lực tài chính tại doanh nghiệp cho mục đích đổi mới. Việc xác định số tiền trích lập cụ thể cần tuân thủ công thức sau:

Trong đó:

• S là số tiền trích lập vào Quỹ trong kỳ.
• T là thu nhập tính thuế của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế đó.
• r là tỷ lệ trích lập do doanh nghiệp tự quyết định, nhưng bé hơn hoặc bằng 20%.

Cần lưu ý rằng thu nhập tính thuế làm căn cứ trích lập là số thu nhập sau khi đã bù trừ lỗ theo quy định. Doanh nghiệp chỉ được trích lập quỹ khi có kết quả kinh doanh lãi (thu nhập tính thuế dương).

Đối với các doanh nghiệp nhà nước, bên cạnh hạn mức tối đa 20%, pháp luật còn quy định một ngưỡng trích lập tối thiểu (thường từ 3% đến 10%) nhằm đảm bảo các đơn vị này thực hiện đầy đủ trách nhiệm dẫn dắt trong hoạt động KH&CN của quốc gia.

2. Thời hạn 05 năm và quy tắc sử dụng 70% quỹ

Cơ chế trích lập Quỹ KH&CN bản chất là một hình thức hoãn thuế có điều kiện. Để đảm bảo nguồn vốn này được thực sự đưa vào hoạt động nghiên cứu chứ không phải để trục lợi thuế, pháp luật quy định nghiêm ngặt về thời gian và tỷ lệ sử dụng.

Thời hạn sử dụng quỹ khoa học công nghệ doanh nghiệp được xác định là 05 năm kể từ năm trích lập. Quy tắc này được áp dụng theo phương pháp “nhập trước xuất trước”, nghĩa là các khoản trích lập của những năm trước phải được ưu tiên sử dụng trước. Nếu sau 05 năm kể từ khi trích lập mà khoản tiền đó chưa được đưa vào sử dụng, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với nghĩa vụ hoàn trả phần thuế TNDN đã được tạm miễn kèm theo tiền lãi.

Quy tắc sử dụng tối thiểu 70% Quỹ: Doanh nghiệp không bắt buộc phải sử dụng hết 100% số tiền đã trích lập ngay lập tức, nhưng phải đạt được ngưỡng tối thiểu 70% tổng số quỹ (bao gồm cả số đã trích lập và các khoản đóng góp, tài trợ khác cho quỹ) trong thời hạn 05 năm.

Nếu doanh nghiệp sử dụng không hết 70% quỹ, hệ quả pháp lý sẽ phát sinh đối với phần chênh lệch giữa mức 70% và số thực chi. Ví dụ, nếu doanh nghiệp trích 10 tỷ VNĐ nhưng sau 5 năm chỉ sử dụng 4 tỷ VNĐ (40%), doanh nghiệp sẽ bị truy thu thuế trên phần 3 tỷ VNĐ (để đạt mức 7 tỷ VNĐ, tương đương 70%).

Mục đích sử dụng Quỹ theo pháp luật về đổi mới sáng tạo: Phạm vi chi tiêu của Quỹ KH&CN trong giai đoạn 2025–2026 đã được mở rộng đáng kể theo tinh thần của Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo mới. Các nội dung chi hợp lệ bao gồm :

• Các hoạt động nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, giải mã công nghệ và sản xuất thử nghiệm. Doanh nghiệp có thể tự thực hiện hoặc đặt hàng các tổ chức bên ngoài thực hiện các nhiệm vụ này.
• Hỗ trợ hoạt động đổi mới sáng tạo; xây dựng áp dụng tiêu chuẩn cơ sở; đăng ký, bảo hộ và quản lý quyền sở hữu trí tuệ; đào tạo nhân lực KH&CN của doanh nghiệp.

Đây là một điểm đột phá trong quy định mới. Doanh nghiệp được phép sử dụng tối đa 5% thu nhập tính thuế hàng năm để mua, sáp nhập, đầu tư hoặc cùng đầu tư vào dự án khởi nghiệp sáng tạo hoặc doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo. Đối với các doanh nghiệp nhà nước và đơn vị sự nghiệp công lập, cơ chế này đi kèm với việc đánh giá hiệu quả đầu tư trên tổng thể và dài hạn, thay vì đánh giá bảo toàn vốn trên từng dự án cụ thể, nhằm tạo hành lang an toàn cho các hoạt động đầu tư mạo hiểm công nghệ cao.

3. Hậu quả pháp lý khi sử dụng sai mục đích hoặc không hết quỹ

Việc vi phạm các quy định về sử dụng quỹ dẫn đến các nghĩa vụ tài chính bắt buộc mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu tâm để quản trị rủi ro thuế.

Khi doanh nghiệp rơi vào trường hợp không sử dụng hết 70% quỹ sau 05 năm hoặc sử dụng sai mục đích, quy trình truy thu sẽ được kích hoạt theo các bước sau:

• Cơ quan thuế xác định số thu nhập đã trích lập tương ứng với phần quỹ vi phạm.
• Áp dụng thuế suất thuế TNDN tại thời điểm trích lập quỹ (thường là 20% đối với doanh nghiệp phổ thông, hoặc 15-17% đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa theo biểu thuế 2025) để tính số thuế thu hồi.
• Tính tiền lãi phát sinh trên số thuế thu hồi đó.

Điểm mấu chốt trong quản trị rủi ro là phân biệt được hai loại lãi suất áp dụng cho hai hành vi vi phạm khác nhau, vốn có mức độ ảnh hưởng tài chính rất khác biệt. Lãi suất này được áp dụng khi doanh nghiệp có kế hoạch sử dụng quỹ nhưng vì lý do khách quan hoặc chủ quan mà không giải ngân được tối thiểu 70% trong thời hạn 05 năm.

• Mức lãi suất: Tính theo lãi suất trái phiếu kho bạc (hoặc tín phiếu kho bạc) loại kỳ hạn một năm áp dụng tại thời điểm thu hồi. Theo dữ liệu thị trường năm 2025-2026, lãi suất này thường dao động ở mức thấp (khoảng 3-4,5%/năm).
• Thời gian tính lãi: Cố định là 02 năm.

Lãi suất này áp dụng khi doanh nghiệp dùng nguồn quỹ KH&CN để chi cho các hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường hoặc các mục đích khác không được pháp luật cho phép.

• Mức lãi suất: Tính theo mức tiền chậm nộp quy định tại Luật Quản lý thuế (0,03%/ngày).
• Thời gian tính lãi: Tính từ ngày trích lập quỹ đến ngày thu hồi (có thể lên tới 5 năm hoặc hơn).

4. Hạch toán thuế và chi phí liên quan đến quỹ khoa học và công nghệ

Để đảm bảo tính minh bạch và tránh các sai sót trong quyết toán thuế, doanh nghiệp cần tuân thủ các nguyên tắc hạch toán quy định tại Điều 17 Luật Thuế TNDN 2025 và Thông tư 20/2026/TT-BTC.

Nguyên tắc không hạch toán trùng lặp chi phí: Một quy tắc vàng trong quản lý quỹ là: Các khoản chi từ Quỹ KH&CN không được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Do các khoản trích lập quỹ đã được giảm trừ khi tính thuế TNDN lúc ban đầu, việc tiếp tục hạch toán chi phí thực tế phát sinh từ nguồn quỹ này vào chi phí sản xuất kinh doanh sẽ dẫn đến việc “khấu trừ hai lần”, vốn là hành vi bị cấm.

Tài sản cố định (TSCĐ) phục vụ cho hoạt động nghiên cứu khoa học mua sắm từ nguồn Quỹ KH&CN cần có hồ sơ theo dõi riêng biệt.

• Trích khấu hao: Khấu hao của các tài sản này được bù đắp trực tiếp từ nguồn Quỹ, không được đưa vào chi phí được trừ khi quyết toán thuế.
• Xử lý khi thay đổi mục đích sử dụng: Nếu TSCĐ hình thành từ Quỹ KH&CN chưa hết hao mòn nhưng chuyển sang phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường, phần giá trị còn lại của tài sản phải được tính vào thu nhập khác của doanh nghiệp. Đồng thời, từ thời điểm chuyển đổi, doanh nghiệp bắt đầu được trích khấu hao phần giá trị còn lại này vào chi phí được trừ theo quy định hiện hành.

Theo quy định tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP và hướng dẫn của Thông tư 20/2026/TT-BTC, khi doanh nghiệp thực hiện sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, việc kế thừa quỹ được quy định rõ ràng: Doanh nghiệp mới thành lập hoặc nhận sáp nhập được kế thừa toàn bộ số dư Quỹ phát triển KH&CN của các pháp nhân tiền nhiệm. Thực thể mới phải chịu trách nhiệm quản lý, sử dụng quỹ đúng mục đích và tiếp tục thực hiện nghĩa vụ về thời hạn 05 năm kể từ ngày trích lập ban đầu của thực thể cũ.

Trong trường hợp chia, tách doanh nghiệp, số dư Quỹ KH&CN phải được phân bổ tương ứng theo phương án tổ chức lại và được báo cáo chi tiết với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Việc bàn giao quỹ phải đi kèm với toàn bộ hệ thống hồ sơ dự án, chứng từ chi tiêu để thực thể mới có căn cứ chứng minh tính hợp lệ của các khoản chi trong tương lai. Nếu doanh nghiệp giải thể hoặc phá sản mà chưa sử dụng hết quỹ, số dư quỹ còn lại sẽ được coi là thu nhập khác của doanh nghiệp và phải nộp thuế TNDN theo quy định trước khi thực hiện các thủ tục đóng mã số thuế.

Kết luận

Tóm lại, quy định về trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ năm 2026 không chỉ đơn thuần là một giải pháp kỹ thuật về thuế nhằm tối ưu hóa nghĩa vụ tài chính cho doanh nghiệp, mà cao hơn, đó là một thông điệp chính sách mạnh mẽ về việc thúc đẩy đổi mới sáng tạo từ nội tại. Việc trích lập tối đa 10% thu nhập tính thuế trước thuế để hình thành nguồn vốn chuyên biệt cho KH&CN là một “đòn bẩy” tài chính quan trọng, giúp doanh nghiệp chủ động trong việc cải tiến quy trình, nâng cấp trang thiết bị và bồi dưỡng nhân lực chất lượng cao.

Tuy nhiên, để “con dao hai lưỡi” này thực sự mang lại hiệu quả, doanh nghiệp cần đặc biệt chú trọng đến tính tuân thủ trong việc quản lý chi tiêu và thủ tục hoàn nhập Quỹ sau thời hạn 05 năm theo quy định. Một sai sót nhỏ trong việc xác định danh mục chi không đúng tôn chỉ mục đích hoặc thiếu sót trong hồ sơ minh chứng đều có thể dẫn đến hệ lụy về truy thu thuế và tiền chậm nộp đáng kể. Trong giai đoạn chuyển đổi số toàn diện hiện nay, sự phối hợp nhịp nhàng giữa chiến lược kinh doanh và sự am tường pháp luật thuế – công nghệ sẽ là chìa khóa giúp doanh nghiệp tận dụng tối đa các ưu đãi của Nhà nước, biến Quỹ KH&CN trở thành nguồn động lực tăng trưởng đột phá, góp phần vào sự thịnh vượng chung của nền kinh tế quốc gia.